No se han considerado estudios de sedimentación del río Baba que permitan anticipar cómo ésta reducirá la capacidad de la represa y su vida útil. Según la Alianza Mundial por el Derecho Ambiental (ELAW), es probable que sea justamente la sedimentación la responsable de problemas técnicos en la represa Daule - Peripa, pero este aspecto no ha sido adecuadamente evaluado, a pesar de incidir directamente sobre la factibilidad del Proyecto Baba. De acuerdo a un estudio independiente, el nivel de sedimentación del río Baba prevería una vida útil de la presa menor a cinco años, provocando una enorme afectación ambiental y social en la región.
Se desconoce el impacto del trasvase desde la represa Baba en la sedimentación del embalse Daule – Peripa. Sin embargo se prevé que la capacidad de regulación de inundaciones de la represa Daule - Peripa disminuirá cada vez más a medida que se reduzca su capacidad de almacenamiento como consecuencia de la sedimentación científicamente no determinada aún.
El Proyecto Baba causará la pérdida de la flora y fauna aguas abajo de la represa. Los cambios en la calidad del agua en el reservorio y aguas debajo de la represa pueden resultar en efectos tóxicos en algunas especies de peces, poniendo en peligro su existencia.
